与普通河马不同，侏儒河马主要有陆生习性，尤其是在夜间。它潜入水中，特别是为了躲避捕食者。因此，它的眼睛位于头部的更侧面。此外，他们的脚更窄，因此可以更好地在陆地上行走。它们呈桶状，虽然比普通河马小，但体重可达 270 公斤。下颌附着在头骨后部，使它们能够张开150度的嘴，并且它们用厚嘴唇而不是牙齿来切割食物。
侏儒河马不是群居动物，而是独居动物。它们喜欢生活在河流和湖泊附近有草地的地方。它们在夜间寻找食物，白天通常躲在沼泽或其他动物的洞穴中。他们通常会用泥浴来保护自己免受皮肤褶皱之间的蚊虫叮咬。此外，它们与鸟类建立互利关系，从而消除它们体内的寄生虫。
矮河马的主要天敌是豹子和人类。后者猎杀它们以获得并出售它们的肉和象牙犬。这是该物种被认为受到威胁的主要原因。